一文速览融合基因,菁良最新FFPE标准品助力临床基因检测标准化管理和质量控制-技术前沿-资讯-生物在线

一文速览融合基因,菁良最新FFPE标准品助力临床基因检测标准化管理和质量控制

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2020-06-15T15:05 (访问量:18382)

△ 肺癌分型(来源/clinical care oncology)

 

肺腺癌的主要融合基因及频率

 

我国每年新发非小细胞肺癌(NSCLC)患者约80万,预计有12万患者携带基因融合突变。临床数据研究发现,基因融合在NSCLC腺癌的基因突变占比中仅次于KRAS和EGFR,属于第三大类突变。融合合并突变频率约为15%。

 

NSCLC中的肺腺癌是靶向治疗比较多的癌种类型,其中基因融合突变的主要类型和频率为:

 

 

 

 

靶向药及融合基因检测

 

截至到2020年5月8日RET靶向药LOXO-292获批,常见融合突变的靶向药已覆盖100%。融合突变虽然低频,但靶向药预后好,且可序贯用药。

 

△ 基因融合突变的靶向药(来源/医世象)

 

随着靶向药的上市,也有越来越多的伴随诊断检测试剂盒被FDA和NMPA批准,目前已经有多种融合基因检测已被纳入NCCN指南常规推荐。

 

在2020版的《非小细胞肺癌NCCN指南》中明确指出,对于通过多基因NGS 检测未发现驱动基因突变的患者,建议行RNA-NGS检测,从而更大程度地发现融合事件。

在2020版《结直肠癌NCCN指南》中,专家建议对于已用IHC检测NTRK融合阳性的患者,由于检测方法的局限性可能存在假阳性率高的现象,故而推荐再用RNA-NGS确诊。

NCCN指南的推荐体现出了融合基因检测的重要性,通过融合检测最大化的匹配靶向用药,已经成为肿瘤精准治疗的中流砥柱。

目前,融合基因的检测方法包括传统的荧光原位杂交(FISH)、PCR扩增技术(RT-PCR)、免疫组化(IHC)以及NGS等技术。每种技术都各有优劣势,但是在RNA水平上行NGS检测融合基因相较于DNA水平上天然存在各种优势,RNA水平融合的靶基因功能相关性更强。

 

菁良基因解决方案

 

技术革新和发展为临床分子检测平台开拓更大的发展空间和应用价值,但同时伴随而来的是检测错误率和问题复杂性。标准化管理和质量控制是保证结果准确的必要条件。

菁良基因融合标准品的使用可以确保临床分子检测项目在医院的有序开展,不同类型的标准品的组合搭配使用可以满足当下临床需求,确保临床报告的公信力。

菁良基因的肿瘤融合FFPE标准品,包含6个RT-PCR验证的融合表达位点,及数字PCR验证的4个基因融合位点,成品为福尔马林固定,石蜡包埋处理的FFPE切片,主要用于基因融合检测流程的质量控制和性能验证。

 

△ 肿瘤融合FFPE标准品的位点信息

 

菁良肿瘤融合FFPE标准品还有以下特点:

▷ 样本来源于人类细胞系:最大程度接近患者样本

▷ 兼容主流检测平台:PCR,NGS

▷ 覆盖常见热门融合基因(ALK,RET,ROS1,NTRK1,NTRK3等)及RNA融合表达等多种肿瘤融合

▷ 在ISO9001认证的质量管理体系下稳定生产

 

此外,该标准品适用于PCR及NGS平台,可以用于基因融合检测panel的性能验证、日常质控、实验室室内及室间质评、 DNA及RNA提取效率的验证、实验室检测试剂盒/检测流程筛选比较、实验室初始化时设备和流程校验等。

 

参考资料:
1. ALK Gene Rearrangements:A New Therapeutic Target in a Molecularly Defined Subset of Non-small Cell Lung Cancer,GENE OF THE MONTH J Thorac Oncol. 2009;4: 1450–1454

2. Updated Molecular Testing Guideline for the Selection of Lung Cancer Patients for Treatment With Targeted Tyrosine Kinase Inhibitors;Journal of Thoracic Oncology

3. Recent Advances in Targeting ROS1 in Lung Cancer;Journal of Thoracic Oncology Vol. 12 No. 11:611-1625

4. Clinical and Translational Implications of RET Rearrangements in Non–Small Cell Lung Cancer;Journal of Thoracic Oncology Vol. 13 No. 1: 27-45

5. MET Exon 14 Mutations in Non–Small-Cell Lung Cancer Are Associated With Advanced Age and Stage-Dependent MET Genomic Amplification and c-Met Overexpression;J Clin Oncol 34:721-730.

6. Non-Small Cell Lung Cancer;NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines®)

7. Diagnosis of fusion genes using targeted RNA sequencing;NATURE COMMUNICATIONS | https://doi.org/10.1038/s41467-019-09374-9 2 NATURE

 

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