5 分钟时间解锁环状 RNA 序列查询技能-技术前沿-资讯-生物在线

5 分钟时间解锁环状 RNA 序列查询技能

作者:上海云序生物科技有限公司 2022-02-08T14:48 (访问量:1639)

pan style="margin: 0px; padding: 0px; outline: 0px; max-width: 100%; line-height: 24px; font-size: 14px; box-sizing: border-box !important; overflow-wrap: break-word !important;">功能机制研究
3.1 RIP测序/RIP-qPCR
针对目标蛋白抗体把蛋白-RNA复合物沉淀下来,并对复合物上的RNA进行测序或对目标RNA进行qRCR表达分析。
3.2 RNA pull-down+MS/WB/qPCR/RNA-Seq
设计目标RNA生物探针把相应的结合蛋白质与RNA复合物沉淀下来,蛋白质谱检测或WB检测与RNA结合的蛋白。设计目标RNA生物探针把相应的结合蛋白质与RNA复合物沉淀下来,qPCR检测或RNA-seq检测与RNA结合的RNA
3.3 双荧光素酶报告实验
双荧光素酶报告实验检测两个基因之间的互作。
3.4 chip 测序/chip-PCR
检测转录因子或者组蛋白与下游基因的结合情况。
四、CircRNA修饰研究
4.1 m6A/m5C/ac4C/m7G/m1A等修饰
针对环状RNA各类修饰进行高通量筛选。
4.2 MeRIP-circRNA-PCR验证
对高通量测序的结果,通过qPCR进行进一步验证。

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, 环状 RNA (circRNA)是近年来非编码 RNA 研究领域的明星分子。德国Max Delbrück分子医学中心(Max Delbrück Center for Molecular Medicine)开发和维护的环状 RNA 数据库 circBase 收录了包括人类、小鼠、黑腹果蝇(D.melanogaster)、秀丽隐杆线虫(C.elegans)以及几种腔棘鱼(Latimeria)在内的多个物种的环状RNA 数据,供全世界所有研究者公开访问、查询和下载。虽然 circBase 数据库中包含了数十万环状 RNA 的庞大数据,但却拥有友好的用户使用体验。就算你以前从来都没有接触过 circBase,只消稍稍花上一点时间在电脑浏览器内实际上手操作一遍,你也能轻松掌握从 circBase 中查找并下载环状 RNA 序列的方法。下面,我们就从云序生物提供的环状RNA测序全转录组测序的结果表格出发,教大家如何快速从 circBase 获取环状RNA 的序列信息。
image001.png
网站链接http://circbase.org/
论文引用:Glažar P, Papavasileiou P, Rajewsky N. circBase: a database for circular RNAs. RNA. 2014;20(11):1666-1670. doi:10.1261/rna.043687.113

按 circRNA ID 搜索环状 RNA

在云序生物提供的 HTML 网页版报告当中,有提供 circRNA 的表达谱以及差异 circRNA 的表格。
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打开表格文件(此处以差异 circRNA 表格“Differentially Expressed circRNA.xlsx”为例)。
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在表格偏右的位置,可以看到 circBaseID 和 source 两列。在此处的截图中,若该环状 RNA 在 circBase 数据库中有对应的记录,则 source 一列标记为“circBase”,而 circBaseID 一列显示该环状 RNA 的编号;若该环状RNA 在 circBase 数据库中没有记录,则 source 一列标记为“novel”,而 circBaseID 一列留空。
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以此处截图中的环状 RNA “hsa_circ_0004846”为例,复制该 circBase ID,然后在 circBase.org 网站首页的搜索框中粘贴,随后点击“Search”搜索,网站随后就会返回搜索结果:
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在 circBase 网站上,该 ID 记作“circRNA ID”(上方截图从左到右第 4 列)。
更多可用于搜索的关键词

除了按照 circRNA ID搜索以外,circBase 的网页搜索还支持按照以下几类要素来搜索环状 RNA:(所有类型的关键词均无需区分大小写)
NCBI RefSeq transcript ID(例如“NM_027671”);
基因名(例如“Pvt1”);
基因组坐标(例如“chrII:123456-7891011”);
Gene Ontology 条目 ID(例如"GO:0017081");
DNA或RNA序列(通过网站首页上方标签栏当中的“blat”)。
需要注意的是,云序生物提供的表格当中,环状 RNA 的基因组坐标(第A列,CircRNAID)与 circBase 上的基因组坐标有细微的差别:
1.起始位置编号差异:circBase 网站上的基因组坐标的起始位置的编号,比云序生物提供的基因组坐标的起始位置的编号小1(-1)。例如下方截图当中绿色高亮的环状 RNA,在 circBase 上的起始位点编号是 5168779,而云序生物提供的起始位点编号是 5168780。
2.是否给出正负链信息:云序生物的表格当中,正负链信息以“+”和“-”附加于基因坐标位置的后方(例如下图当中绿色高亮标注的 chr14:55168780-55169298+),但 circBase 网站上则将正负链信息单列为一列(上方截图从左到右第 3列)。
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搜索结果的查看和下载

circBase 网站的搜索结果,以表格形式呈现。仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例:点击“基因组坐标”(genomic position)一列的超链接,会跳转到 UCSC 的基因组浏览器(circBase 内部镜像版);点击“最佳转录本”(best transcript)一列的超链接,会跳转到 NCBI 或 WormBase 中相应的转录本信息页面;点击“基因名”(gene symbol)一列的超链接,会跳转到NCBI 或 WormBase 中相应的基因信息页面;点击“环状RNA 研究论文”(circRNA study)一列的超链接,会跳转到 PubMed 中相关参考文献的页面。
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circBase 的搜索结果也可以导出下载:点击 Export results 一行的 xlsx、txt 或 csv 字样,就可以将此次搜索结果以对应的格式下载保存。

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若需要下载环状 RNA 的序列信息,则需要点击 Export results 一行的 fasta 字样。随后,网站将会弹出如下方截图所示的界面。其中,对于序列数据的来源,可以选择基因组序列(genomic)或经过剪接后的 RNA 序列(spliced);对于序列数据的范围,可以指定向上游或向下游多截取的碱基数目。确定好这些选项后,点击“Search”按钮即可下载环状 RNA 的序列信息。
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仍以环状 RNA “hsa_circ_0004846”的搜索结果为例:若序列来源选取的是“spliced”,不额外截取更多碱基,下载的序列长度将会是 519 bp。对于外显子来源的环状 RNA(云序生物提供表格的“Catalog”一列标记为“exonic”的环状 RNA),建议使用这种设定。
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若序列来源选取的是“genomic”,不额外截取更多碱基,下载的序列长度将会是 11001 bp,即该 circRNA 来源的基因组区域的全长片段。
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到此为止,你就已经掌握 circBase 查找和下载环状 RNA 的基本方法了。怎么样?是不是很简单!


批量搜索环状 RNA


除了简易的单次搜索以外,circBase 也支持一次性对多个环状 RNA 进行批量搜索。只需点击网站首页上方标签栏当中的“list search”就能进入批量搜索的界面。
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首先,点选“Organism”的下拉菜单,选取物种;然后,在“Search list”空白区域输入需要批量检索的环状 RNA 的信息(例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等),也可在“Upload file”处浏览本地文本文件上传;随后,点击页面下方的“Search”按钮,网站就将返回批量搜索的结果表格。

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批量筛选环状 RNA

如果不知道每个环状 RNA 的详细信息(例如具体的 circRNA ID 名、具体的基因组坐标等),但仍希望进行批量检索,circBase 还支持设定条件来筛选环状 RNA。只需点击网站首页上方标签栏当中的“table browser”就能进入批量筛选的界面。在此界面选定各个筛选条件,随后点击页面下方的“Search”按钮,网站就将返回批量筛选的结果表格。

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