「一文理清」ctDNA检测在结直肠癌中的应用和质控-技术前沿-资讯-生物在线

「一文理清」ctDNA检测在结直肠癌中的应用和质控

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2021-04-23T11:59 (访问量:4679)

近日,ctDNA检测写入最/新版结肠癌NCCN指南(2021.V2版),值得注意的是,在术后复发风险和辅助化疗部分,增加ctDNA检测方法,成为辅助临床评估II期或III期结肠癌患者辅助治疗决策和预后的检测方法之一。

 


结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是最常见的消化道肿瘤之一,起病隐匿,早期病变位于黏膜层及黏膜下层,且病情发展缓慢,直至中晚期才会出现明显临床症状。早诊断早治疗、实时监控、靶向用药以及个体化治疗是提高CRC远期生存率、降低死亡率的关键,而无法准确捕捉具有时空特异性的肿瘤是当前癌症诊疗面临的最大难题,循环肿瘤DNA(circulating tumor,ctDNA)ctDNA 作为液体活检的生物标志物之一,具有较高的特异性,相较于传统诊断手段,ctDNA检测表现出诸多优势,是结肠直肠癌患者治疗过程中颇具前景的生物标志物。

ctDNA检测平台
对于ctDNA的检测有NGS测序、数字PCR、ARMS-PCR、BEAMing等,不同平台检测灵敏度亦不相同,可以根据肿瘤患者疾病不同阶段的需求,选择适合的检测技术。


ctDNA检测在CRC诊疗中的应用
1.早期诊断与治疗监测
多项研究表明定性定量检测 ctDNA水平变化可用于 CRC 患者的病情监测、治疗效果反馈、残留微小病灶判断及高危复发者识别等。与影像学或其他常规方法相比,ctDNA提供了一种更灵敏的检测恶性肿瘤的方法。这个敏感性可被用于如下几个方面:

  • 早期诊断结直肠癌的临床或影像学表现出现之前的检测微小残留病(MRD),检测ctDNA作为没有疾病复发的临床证据的患者完成潜在诊断与治疗。
  • 在有明显放射学疾病的患者中,ctDNA似乎对肿瘤负荷的变化更敏感,可能有助于在新辅助环境中调整治疗强度,并在需要姑息治疗的患者中监测肿瘤反应。


2.用药指导与耐药监测
在治疗过程中,ctDNA也能监测RAS基因、EGFR基因、MET基因、HER2基因等驱动突变的状态及全面突变信息,提供用药指导,发现潜在治疗靶点。

肿瘤耐药是当前CRC临床治疗面临的最主要的问题之一,利用ctDNA检测可以非侵入性地了解耐药突变的产生和寻找新的治疗靶点且方便可行,有助于评估导致耐药性出现的肿瘤进化和异质性,以及筛选最合适的治疗方法。

3.预后评估
临床研究表明,术后ctDNA可作为I-III期结肠癌复发风险预测标志物。由Reinert等人于2019年发表在JAMA Oncology上的一项针对130例I-III期结肠癌患者的多中心前瞻性研究,采用基于多重PCR捕获的定制化ctDNA检测技术,对术后患者进行连续的ctDNA监测。

在术后30天ctDNA检测呈阳性的患者的复发风险是呈阴性患者的7倍(Hazard Ratio (HR)为 7.2);同样的,在辅助化疗后,ctDNA检测呈阳性的患者的复发风险是呈阴性患者的17.5倍(HR为 17.5)。

术后ctDNA的阴阳性状态可以作为预后生物标志物(prognostic biomarker),ctDNA检测与影像学相比平均提前8.7月发现肿瘤复发,最早提前发现时间长达16.5个月。


ctDNA检测质控
ctDNA检测的一大挑战是患者血液中ctDNA的含量极低,这意味着实验室检测的时候,等位基因突变频率比以前要低得多。那怎样才能确保真实的检测限,降低假阳性?

 

不同浓度梯度标准品测试结果

测试结果表明:

  • 该检测实验室ctDNA试验的可靠的检测限是1%AF
  • 该检测实验室NRAS Q61K检测结果呈现假阳性

使用具有明确的等位基因梯度频率范围的参考标准可以帮助确定检测的真实极限,降低误报的风险,也可以优化检测流程,及时校准,以避免检测过程中出现任何误差。

菁良ctDNA标准品
菁良基因研发了一系列细胞系来源的ctDNA参考标准品,最大/程度模拟患者样本,可以帮助开发、优化、监测和控制检测的准确性。这些标准品包含一系列结直肠癌中常见突变位点,产品平均片段分布在160bp左右,能最大/程度接近真实血浆ctDN**段分布。

肺癌ctDNA标准品套装
• 包含了经过 ddPCR 验证的6个SNV、1个插入及1个缺失变异位点
• 每个位点均含有0%、0.1%、1%三个梯度的突变频率
• 可用于最低检测限的验证及线性验证

肿瘤结构变异 5% ctDNA标准品
• 主要用于ctDNA样本复杂结构变异的检测
• 优化和验证新的癌症panels,并监测流程性能
• 分析检测流程的灵敏度,准确度和特异性

 

更多ctDNA标准品有关信息

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