FAQ
Q1: 测序结果中的位点位置在可视化中全部看不到峰？——注意基因组版本选择正确（见3.加载基因组）
Q2: 测序结果中差异位点在IGV中趋势相反、不明显？——注意纵轴scale调整统一（见6.调整图像）
Q3: 样品导入不进去？——注意bam文件与bai文件同名、zoom in 放大看结果（见5.导入样品比对文件）
Q4: 加载基因组报错？——（见3.加载基因组）
Q5: 如何看甲基化峰位在转录本什么区域？文献中peak下方基因转录本示意图是怎么做的？IGV中最下方蓝色转录本，矩形线形箭头都代表了什么，怎么看？——（见4.加载注释文件）
Q6: 如何将样品IP和Input重叠起来看？——（见6.调整图像）
OUTLINE
1.获取IGV软件
2.运行软件
3.加载基因组4.加载注释文件5.导入样品比对文件6.调整图像7.导出图像
1、获取IGV软件
方式一：云序生物测序报告中：Report>Sequence_Results>Alignment>IGV software中已经提供了IGV_2.4.10版本的软件压缩包，解压后打开可直接点击igv（.bat）文件运行，无需安装。
*如果运行报错或操作界面错乱，可能由于java版本不对应，可尝试方式二下载java included IGV。
自行从网站下载：
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
建议选java included的版本。
下载的版本需要安装：
2、运行软件
点击igv（.bat）文件运行后，等待软件加载。尤其是电脑上第一次运行时等待时间可能会稍长。
加载完毕Loading Genome...框消失，操作界面如下
*如果出现如下报错，原因可能是网络信号不佳，或IGV服务系连接问题。如果确认网络状态正常仍不能解决，可改其他时间尝试，或自行手动导入自己储存在本地的基因组（见下文3.加载基因组）。
3、加载基因组
方式一：左上角可看到基因组信息，一般软件初始会默认加载的人类基因组Human hg19版本。如果测序数据分析使用的是其他基因组，需要在此选择，此处包含了一些常见基因组版本可直接选择。点击More有更多的基因组版本可供选择。务必与测序分析所使用的版本保持一致。
（云序生物提供的测序服务，使用的基因组版本见报告中:
Report>Sequence_Results>Supplementary>Sample & groups表格中Genome build）
方式二：
如果是特殊物种不在此列的（或网络等原因加载失败的），则需要自行导入基因组：菜单选择Genomes>Load Genome from File...
打开自己预先储存在本地的基因组文件。（.fa文件）
（云序生物提供的特殊物种的测序服务，基因组文件如非客户提供，可通过销售提交申请）
4、加载注释文件
通常加载完基因组，IGV软件会自带该物种Refseq注释信息，在最下方。
选择染色体并且zoom in之后可以看到基因组上各位置的具体基因和转录本。
转录本上线性为内含子区域，蓝色矩形为外显子区域，其中两端的较窄的矩形为UTR区。转录本上箭头方向向右->->->-，则该基因在正链上，左侧的UTR区为5’UTR；转录本上箭头方向向左-<-<-<-，则该基因在负链上，右侧的UTR区为5’UTR。
有箭头间隔不均匀的，说明该基因有多个转录本，在此重叠了。可右键点击左侧track名（RefSeq Genes）选择“Expanded”模式查看多个转录本的情况。
有时分析所用的注释文件与IGV默认加载的注释信息有出入，想要对照自己所用的注释信息来查看，可将自己使用的注释文件（.gtf）拖入红框区域。
（云序生物提供的测序服务，使用的注释文件见：Report>Sequence_Results>Alignment）
*出现建议建立索引文件的提示，可以点Go等待自动生成索引文件后再次拖动gtf文件进来（推荐），但如果gtf文件是没有sorted过的（文件名中没有.sorted.字样）则无法建立索引文件，如果gtf文件是由云序生物提供的，可联系销售。也可以点cancel忽略继续进行（可能加载会较慢）。
5、导入样品比对文件
前面准备工作做完，要考察样品的可视化情况，需要样品比对到基因组后得到的bam文件，并且其对应的索引文件bai文件需要与其存放在同一文件夹中，勿随意改名，如果一定要改，注意bam与其bai文件前面部分名称要一致。进行可视化时可以直接使用bam文件，也可以将其转化为tdf格式文件后使用。
将bam文件拖入红框区域。
样品刚拖入右侧时，有可能只会显示灰色字“zoom in to see features”。这只是提示需要放大到一定程度才会显示出峰。
界面上方可以选择要观察的染色体、输入染色体上具体位置或者直接输入基因名，也可以点“-”和“+”来放大和缩小区域。Bam文件在缩放区域时可能会较慢需要耐心等待。
Bam文件加载好后，出现两条track，上面一条coverage即通常可视化图中展示的峰形，下面一条track展现的是每一条read在基因组上的比对情况。
作图时可以右键点击track名选择隐藏这条alignment track，以便让出位置展示多个样品中的甲基化峰。
方式二：使用tdf文件进行可视化
由于bam文件较大，读取和调整较慢，可以通过IGV内自带的IGV Tools将bam文件转化为tdf文件来进行可视化。相较bam文件，tdf文件去除了alignment track的信息只保留了coverage信息，但文件变小便于快速操作，并且用tdf文件操作时可以进行多样品叠加展示（见后文6调整图像）。
在菜单选Tools>Run igvtools...
点击Input File后面的browse，选择要转化的bam文件。
选择好以后，Output File会自动命名，不需要再选择。点击Run进行转化。
*有时出现WARNING: BAM index file...bam.bai is older than ...bam，是提示这个索引文件bai文件比bam文件生成的时间要早，而正常情况下理当先有bam再建立它的bai文件，因此软件提醒注意是否文件有误。一般可能只是由于涉及到原始数据二次下载导致文件生成时间改变，可以忽略这个提示。
点击Run之后等待其转换，需要一定时间。此时可以看到Run变灰，并且等待一段时间后在Message信息框可以观察到“..”点逐渐增加，说明正在转换中。完成后会显示“100%”和“Done”。
生成的tdf文件被保存在bam同文件夹中。在igvtools中重新选择其他Input File可逐个进行转换。
*若tdf文件大小为0或特别小，说明转换未完成或不完整，无法使用，尝试重新进行转换。
tdf文件的使用方式同bam一样，直接将文件拖入IGV。
6、调整图像
导入多个样本后，可以右键track名，进行各种调整和操作，将图像调整到满意的形式展示。可以自己多多尝试。下面例举一些常用的操作供参考。右键样品名可以改样品名（Rename Track）、更改track的高度、颜色、名字字体大小（Change...）等基本操作。
要对比多个样品中甲基化峰时，会需要将各样品纵坐标scale调整至一致才便于直观比较。
可以 1)根据甲基化峰信号值手动调整个别样品的scale：右键点样本名选Set Data Range后输入最大值；
2）单个样品自动调节至合适的scale：右键点样本名选Autoscale，会自动调整到一个可以显露出该视窗内该样本最高信号值的scale；
3）也可以同时选中要统一的所有样品名（按住shift或者control点选）然后右键选择Group Autoscale，则全部样品会被统一采用一个相同的scale。
7、导出图像
在菜单File>Save Image中导出图像。
有三种文件格式可以选择。
导出的图片为当前视窗下的全部内容。
或右键track名，选择Save Image则仅导出样品track的图像。
**有文献IGV可视化图上下方有其他个性化的注释信息、图形，甲基化区域有颜色高亮或框，为IGV外画图软件（PS等）自行添加。
**IGV中其他详细信息，可参阅IGV官网http://www.broadinstitute.org/igv/
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