,
A. 技术原理
首先将RNA样品片段化为200nt左右的片段，利用5‘外切酶消化不包括帽子结构的RN**段，使具有帽子结构的RN**段富集。然后对富集的RN**段进行m6A抗体的免疫沉淀反应，从而富集发生m6Am修饰的RN**段。对IP富集的产物进行PCR扩增及纯化，纯化后进行文库质检，之后上机测序。根据测序结果分析m6Am甲基化富集峰情况。
B.m6Am-exo-seq流程
C.m6Am-exo-seq质控
1. RNA定量质控
使用 NanoDrop ND-1000 仪（Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA）测量每个样品 的RNA浓度。以OD260/OD280值作为RNA纯度指标。使用变性琼脂糖凝胶电泳测量 RNA 完整性和 gDNA 污染。
2. 文库2100质控
通过Agilent生物分析仪对测序文库进行质控。
1. 甲基化位点识别
Start：甲基化位点（峰）在基因组上的起始坐标
End：甲基化位点（峰）在基因组上的终止坐标
Peak ID：甲基化位点的编号
Score：甲基化位点的得分
PeakLenght：甲基化位点的长度
fold_enrichment：富集倍数
FDR：甲基化位点的 FDR
2. 差异甲基化位点识别
Start：甲基化位点（峰）在基因组上的起始坐标
End：甲基化位点（峰）在基因组上的终止坐标
Peak ID：甲基化位点的编号
Score：甲基化位点的得分
PeakLenght：甲基化位点的长度
Foldchange：差异甲基化位点差异倍数
FDR：甲基化位点的 FDR
3. 差异甲基化基因GO分析
E.m6Am-exo-seq样品要求
RNA: > 30-300 ug
血浆：> 5 mL
细胞：> 2 x 107
组织：> 100 mg
其他样品类型咨询021-64878766当地销售
题目：PCIF1催化m6Am mRNA甲基化调控基因表达
发表期刊：Molecular Cell
影响因子：17.97
文章链接：PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression
mRNA修饰在调控基因表达中起着重要作用。其中m6Am是RNA修饰中一种丰度的修饰类型。本文中作者证明m6Am是由磷酸化的CTD作用因子1（PCIF1）介导的较为保守的mRNA修饰，它催化位于mRNA 5'端的RNA发生m6Am修饰。此外，PCIF1在体外和体内只催化5 端' m6Am的甲基化，而不催化m6A的内部甲基化。为了研究m6Am的生物学作用，作者利用m6Am-exo-seq表现了其转录组范围内的m6Am修饰情况，结果发现m6Am不会改变mRNA的转录或稳定性，但会对甲基化mRNA的帽依赖性翻译产生负面影响。因此本文鉴定了唯一的人类m6Am mRNA甲基转移酶PCIF1，并证明了PCIF1介导的m6Am mRNA甲基化的基因调控机制。
优势二：至今完成4000+例RNA修饰测序样本，全面覆盖医口、农口等各类样本。
优势三：全面检测mRNA和各类非编码RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
优势四：独家提供RNA修饰一站式服务：RNA修饰整体水平检测、RNA修饰测序、MeRIP-qPCR验证、RIP和RNA pull-down等。
优势五：率先研发超微量MeRIP测序技术，RNA量低至500ng起。
优势六：国内最全的RNA修饰测序平台，提供m6A、m6Am、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙酰化和2'-O-甲基化测序。
项目文章|赫捷院士团队nature子刊揭示METTL3以m6A依赖的方式调控食管鳞癌
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